Что делать продавцу авто, если покупателю отказали в регистрационных действиях?

Павел если экспертизой будет доказано изменение вин-номеров то в отношении вас будет проведена проверка по факту изменения данных номеров. 

Статья 326. Подделка или уничтожение идентификационного номера транспортного средства
 

1. Подделка или уничтожение идентификационного номера, номера кузова, шасси, двигателя, а также подделка государственного регистрационного знака транспортного средства в целях эксплуатации или сбыта транспортного средства, использование заведомо поддельного или подложного государственного регистрационного знака в целях совершения преступления либо облегчения его совершения или сокрытия, а равно сбыт транспортного средства с заведомо поддельным идентификационным номером, номером кузова, шасси, двигателя или с заведомо поддельным государственным регистрационным знаком либо сбыт кузова, шасси, двигателя с заведомо поддельным номером — (в ред. Федеральных законов от 17.11.2001 N 145-ФЗ, от 08.04.2008 N 43-ФЗ)

наказываются штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

2. Те же деяния, совершенные группой лиц по предварительному сговору или организованной группой, -

(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 162-ФЗ)

наказываются обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо ограничением свободы на срок до трех лет, либо принудительными работами на срок до трех лет, либо лишением свободы на тот же срок.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

Кроме этого вам придется возместить ущерб покупателю, то есть вернуть ему деньги.